Особенностями Университетской гимназии являются индивидуальный подход к каждому обучающемуся, модульность обучения, наличие проектной и исследовательской деятельности. Образовательный процесс предполагает постепенный переход от классно-урочной системы к нелинейным формам организации занятий. Исследовательская деятельность школьников осуществляется в научных лабораториях факультетов МГУ под руководством ведущих ученых.